Obszary Natura 2000
W Parku Krajobrazowym Wysoczyzny Elbląskiej znajduje się obszar sieci Natura 2000 „Doliny erozyjne Wysoczyzny Elbląskiej” (PLH 280029). Jest to obszar „siedliskowy” (zgodny z tzw. Dyrektywą Siedliskową) o znaczeniu dla Wspólnoty (OZW), zatwierdzony przez Komisję Europejską. Obejmuje on swoim zasięgiem głębokie doliny erozyjne Stradanki, Grabianki, Suchacza, Olszanki i Kamienicy wraz z ich dopływami. Wszystkie wymienione cieki przepływają przez kompleksy leśne, głównie buczyny (ale są tutaj także grądy, olsy i łęgi). Urozmaicona rzeźba terenu, specyficzny mikroklimat stwarza warunki dla rozwoju i bytowania wielu cennych gatunków porostów, roślin i zwierząt.
W części nadzalewowej Parku znajduje się także niewielki fragment „siedliskowego” obszaru Natura 2000 „Zalew Wiślany i Mierzeja Wiślana” (PLH 280007) oraz niewielki fragment obszaru „ptasiego” (utworzonego zgodnie z tzw. Dyrektywą Ptasią) – „Zalew Wiślany’ (PLB 280010).
